Der Gemeinderat ist die Vertretung der Bürger und das Hauptorgan der Gemeinde. Er legt die Grundsätze für die Verwaltung der Gemeinde fest und entscheidet über alle Angelegenheiten der Gemeinde, soweit nicht der Bürgermeister kraft Gesetzes zuständig ist oder ihm der Gemeinderat bestimmte Angelegenheiten überträgt. Der Gemeinderat besteht aus dem Bürgermeister als Vorsitzendem und 14 ehrenamtlichen Mitgliedern (Gemeinderäte). Die Amtszeit der Gemeinderäte beträgt fünf Jahre. Die Gemeinderatssitzungen finden im Sitzungssaal des Rathauses Winzeln statt. Die Bevölkerung ist zu den öffentlichen Sitzungen herzlich eingeladen.
Seit Februar 2022 arbeitet der Gemeinderat Fluorn-Winzeln digital mit einem Ratsinformationssystem. Die Unterlagen, von der Tagesordnung bis zu den Beratungsunterlagen, werden digital zugestellt. Auch die Bürger aus der Gemeinde können dadurch, bereits im Vorfeld zu den Gemeinderatssitzungen, die öffentlichen Unterlagen abrufen und sich informieren.