Bereits 1824 wurde von der Bevölkerung der Bau einer neuen Kirche gefordert, der Bau verzögerte sich aber aufgrund vieler Umstände (Geldmangel, Hungersnot, etc.) um über 80 Jahre.
Nachdem auf dem Hofacker die notwendigen Grundstücke von der bürgerlichen Gemeinde erworben werden konnten, erfolgte die Grundsteinlegung am 21.7.1907.
Die Kirche „St. Mauritius“ wurde von der bürgerlichen Gemeinde Winzeln zwei Jahre lang gebaut und im Jahre 1910 der Röm. Kath. Kirche im Tauschverfahren gegen die Alte Kirche übereignet. Die Kirche wurde am 10. Mai 1909 geweiht. Die alte Kirche wurde daraufhin profanisiert.
Die Kirche in spätgotischem Stil hat eine Länge von 46 Meter, im Querschiff eine Breite von 21 Meter, im Langschiff eine Breite von 9,7 Meter. Sie wurde konzipiert für ca. 660 Sitzplätze ebenerdig und ca. 110 Plätze auf der Empore. Mit exakt 59,38 Meter weist die Kirche den höchsten Dorfkirchturm in Baden- Württemberg auf.
Am 8.9.1912 erleuchtete erstmals elektrisches Licht. Der Strom wurde vom Elektrizitätswerk Johann Melber erzeugt.
In den Jahren 1967-71 wurde die Kirche entsprechend den Vorgaben des 2. Vatikanischen Konzils grundlegend renoviert. Sowohl Hochaltar, Seitenaltäre, Kanzel und Eichengestühl wurden bei der Neukonzeption nicht mehr berücksichtigt und daher ausgebaut. Auch die Zerstörung der teilweise von Winzler Bürgern gestifteten bleiverglasten Kirchenfenster mit bildhaften biblischen Darstellungen war nicht unumstritten.
1985/1986 erhielt der hintere Haupteingang im Rahmen der Außenrenovation ein Satteldach. Auch die Fassung der Rosette wurde neu gestaltet.
In einer zweiten Renovierungsphase (Innen) wurde das Konzept des Künstlers Herbert Göser umgesetzt. Dieses prägt das heutige Erscheinungsbild. Mit der Altarweihe durch Bischof Gebhard Fürst am 09.12.2001 fand diese Renovierung ihren Abschluss.
Die Kirchenuhr wird noch heute von einem mechanischen Uhrwerk angetrieben, das alle acht Tage mit einer Kurbel aufgezogen werden muss. Dies war früher die Aufgabe der Ministranten, zwischenzeitlich wird sie von Freiwilligen aus der Gemeinde geleistet.
2014 wurde beim ökumenischen Großereignis „INTERMEZZO – Glaube bewegt“ zur Nacht der offenen Kirchen die Idee geboren, das markanteste Gebäude in Winzeln dauerhaft ins rechte Licht zu rücken. Seit 2019 wird der Turm in wechselnden Farben beleuchtet. Aber nicht, weil es hübscher aussieht, sondern weil die Farben Hinweise auf die jeweils sinngebende liturgische Farbe des Kirchenjahres sind.
2022 wurde das Seitenschiff der Kirche neu gestaltet. Glas- und Lichtelemente schaffen neuen Raum rund um die Darstellung der Heiligen Anna, der Mutter Mariens. Zusammen mit dem Innenarchitekten Arkas Förstner aus Schramberg und der Firma „Die Kunstglaser“ in Rottweil, ist ein moderner Bereich geschaffen worden. Die Farbvielfalt des Vierungsfensters wurde in Glas-Stahlelementen aufgenommen. Gleichzeitig ist der Stil der französischen Gemeinschaft von Taizé miteinbezogen. Die Anordnung der Elemente schenkt ein gutes Raumgefühl. Auch die Beleuchtung wurde neu konzipiert.
An der Hauptinstallation bilden ein wertvolles Kreuz im romanischen Stil und eine Stele für die eucharistische Anbetung oder die Verwendung von Weihrauch Zentren.
In Zukunft sollen kleinere Gottesdienste und natürlich auch die Taizé-Gebete, eine neue Heimat in der „Annakapelle“ finden.